A nivel europeo

En Europa, según el plan de acción para el carricerín cejudo, se han identificado las siguientes amenazas en las zonas de nidificación:

• Pérdida de hábitat de nidificación. Debido a la desecación de humedales, manejo del agua inadecuado y canalizaciones de ríos.
• Sucesiones vegetales en el hábitat de nidificación. Favorecido por la desaparición de prácticas agrarias como el pastoreo y siega de vegetación helofítica, lo que está suponiendo la invasión de los humedales por otras especies como carrizo o matorral.
• Pérdida o cambios en las zonas de migración.
• Cambios en las zonas de invernada. Principalmente motivados por nuevos proyectos de desarrollo agrícola (desecación de humedales, extracciones abusivas de aguas, pastoreo excesivo, incremento de la población, ...) y por las sequías cíclicas que padece el oeste de África.
• Molestias causadas por el hombre. Afecta a las zonas de cría y están principalmente motivadas por ornitólogos o granjeros.
• Eutrofización. El bajo nivel de agua en algunas zonas de reproducción propicia la mineralización del suelo y los consiguientes cambios de vegetación que ello lleva consigo.
• Incendios incontrolados. Utilizados como herramienta para controlar la vegetación palustre al no realizarse labores tradicionales como la siega o pastoreo.

A nivel nacional

En España nunca se han descrito las amenazas para este paseriforme pero estas pueden encontrarse en los siguientes puntos:

• Destrucción o alteración de las zonas húmedas. Este tipo de hábitats han sufrido un severo retroceso en los últimos años que algunos autores situan por encima del 60%, lo que indudablemente habrá afectado a lugares que tradicional o potencialmente podían ser utilizados por la especie.
• Cambios en el hábitat. Actuaciones de manejo en los humedales tendentes a eliminar zonas de vegetación helofítica para favorecer la presencia de láminas de agua abierta, pueden estar contribuyendo a eliminar el hábitat disponible para una especie tan selectiva.

• Carencia de información sobre la fenología migratoria y lugares de paso utilizados por la especie. El carricerín cejudo es una de las especies más desconocidas y de las que se tiene menos información en España. Pese a las campañas de anillamiento desarrolladas, su presencia ha pasado hasta la fecha prácticamente desapercibida, posiblemente debido a lo particular del hábitat que utiliza durante la migración, zonas que no han sido debidamente prospectadas.
• Intensificación de las prácticas agrícolas. Los constantes cambios de tipos de cultivos en los alrededores de las zonas húmedas y el cada vez más frecuente uso de productos fitosanitarios como herbicidas, insecticidas o fungicidas pueden estar siendo responsables de la disminución de las comunidades de artrópodos que componen la dieta de ésta y otras especies de aves insectívoras.